夫婦は原則として同一世帯
さて、今回はご夫婦の場合です。夫婦は民法上、お互いが助け合い、支え合いながら生きていく「相互扶助の義務」があるため、基本的には世帯分離はできません。以下は大阪市のHPのQ&Aです。
Q：同居の夫婦は世帯分離ができますか。
A：同一の住所地で生活している夫婦については、民法第752条により夫婦間には扶助義務があることから、世帯分離はできません。但し、事実上の別居状態にあるなど、同一生計でないことが客観的に認められる場合は、この限りではありません。
引用：大阪市HPより一部抜粋
筆者も実際にいくつかの市町村に確認を取りましたが、いずれも共通して以下のような返答でした。
・夫婦どちらかが世帯主になる。両方を世帯主にはできない
・単身赴任や別居の場合はそれぞれを世帯主にすることができる
よってSさんのケースは世帯分離には該当しないと思われます。基本に従うと、「それぞれで世帯主になれますけどどうしますか」と聞かれることは無さそうです。
ただし住民票は各市町村によって対応が異なる場合もありますし、何か違う意味合いがあってのお尋ねだったのかもしれません。もう一度、今回の記事を参考に市役所で確認をしてみてください。