非侵襲性出生前遺伝学的検査は控除対象外
妊娠が判明し、住んでいる市区町村に妊娠届出を行うと「母子健康手帳」が交付され、病院での定期健診（妊婦健康診断）が始まるが、医師による診療等の対価として支払われる妊婦の定期検診の費用は医療費控除の対象となる。
また、自治体により内容の違いはあるものの、母子健康手帳の交付とともに健診費用の助成が受けられる「妊婦健康診査受診票」（妊婦健康診査受診票、妊婦超音波検査受診票、妊婦子宮頸がん検診受診票）などを配布しているが、この交付（補助）を受けた場合には、実際に支払った金額のみが控除の対象とされる。なお、出産後の健診費用についても、単なる健康診断にすぎないものを除き医療費控除の対象に含まれる。
めざましい医学の発達により、母体血を用いて母体の血液中に存在する胎児由来のＤＮＡ及び母体由来のＤＮＡに含まれる遺伝情報を解析することで、各染色体に由来するＤＮＡ断片の量の差異を求め、それらの比較から胎児の特定の染色体数的異常の診断に結びつける「非侵襲性出生前遺伝学的検査（NIPT）」が実施されており、これを受ける妊婦が増えている。この費用は、胎児の染色体の数的異常を調べる“診断の一種”であり、またこの検査を行った結果、染色体の数的異常が発見されたとしても、現時点ではそれが治療につながらないとされていることから、妊婦や胎児の治療に先だって行われる診療等とは言えないため、現時点（2026年現在）では医療費控除の対象外とされている。10万円を超える高額な検査になることも多いため、誤って確定申告に含めないよう注意が必要。
マタニティエクササイズは医療費控除対象外
妊娠５カ月以降になると安定期に入り、このころは体重管理にも気を配る必要が出てくることから、マタニティエクササイズでの適度な運動をしたり、出産後の育児の仕方を学ぶための「妊婦（両親）学級」や妊婦の精神的不安を和らげる効果があるだけでなく、適切な指導の下に正しい腹式呼吸の方法を会得すれば、安産も期待できるといわれる「無痛分娩講座」などに参加する者も少なくない。しかし、このような費用も医師による診療等の対価として支払われるものではなく、また、医師による診療等を受けるため直接必要な費用でもないため控除対象とはならない。たとえ病院内で実施されていても、健康増進や学習のための費用は対象外であることを覚えておきましょう。
