申告時の注意点（一時金50万円の扱い）
医療費控除のため領収書をまとめると、病院で支払った費用は領収書が出されるが、交通費といった通院費用については、いちいち駅等で領収書をもらうのが面倒だったり、貰えなかったりすることもある。その際は、家計簿などにしっかり記録するなどして実際にかかった費用について明確に説明できるように準備しておけば問題ない。マイナポータルでは、「1月1日から12月31日までの1年間分の医療費通知情報」が一括取得可能（例年2月上旬頃から開始）。ただし、自動取得されない「通院交通費」や「ドラッグストアの薬代」などは手動で追加する必要がある。
また、前記の説明のように、各種保険による補填や自治体等の助成金がある場合は、その金額を医療費から差し引く必要があるため、健康保険組合や共済組合などから支給される出産育児一時金や家族出産育児一時金又は、出産費や配偶者出産費などは、医療費控除の額を計算する際に医療費から差し引いて計算する。ここで重要なのは、2023年4月から出産育児一時金が原則50万円に増額された点。全国平均の出産費用は約48万円であるため、地域や施設によっては持ち出しがほぼゼロになるケースもある。一方で、都市部の私立病院などでは依然として高額な自己負担が発生することもある。いずれにせよ、支払った総額からこの50万円を差し引いて計算する必要がある。しかし、出産の前後の一定期間勤務できないことに基因して、健康保険法等の規定により給付される出産手当金に関しては、医療費を補填する性格のものではないことから、医療費控除の計算上差し引く必要はないので、注意したい。ここを誤って差し引くと、本来受けられる還付額が減ってしまう。
医療費控除の対象年分は支払った年度ごとに申告
妊娠から出産までを「十月十日」とよく言われるが、この言葉からもわかるように出産は年をまたぐことが多い。その場合の医療費控除の取扱いだが、基本的な考え方は“支払った年度の医療費控除として申告する”ということ。したがって、今年支払った分は今年分の医療費控除で、昨年に支払った分は昨年分の医療費控除として申告することになる。つまり、「領収書の日付」が属する年で分けるということ。くれぐれも控除漏れがないよう気を付けたい。
