【以下、ネタバレ】
悠は、4年前の豪雨で行方不明となった恋人・紫陽の葬儀場を訪れていた。目的は、紫陽の葬儀を執り行おうとする京一を止めるため。豪雨の日に消息を絶った紫陽だったが、悠はその後も彼女の姿を目撃しており、「紫陽は生きている」と信じ続けていた。
そんな折、悠は恩師・石見崎から、インド・ループクンド湖で発掘された古人骨のDNA鑑定を依頼される。現場では約800体もの遺骨が見つかっているが、ルーツは南アジアや東アジア、地中海沿岸などさまざまで、死亡時期も7～19世紀と一致しない「世界最大級の考古学ミステリー」とされていた。27年前に調査へ参加した石見崎は、資金難で中断していた研究が突如再開されたと説明。地元では「ループクンド湖の骨を持ち去った者は呪われる」という言い伝えもあったが、悠は鑑定を引き受けた。
一方、その夜の石見崎は、自宅でパソコン内のデータを削除し、「骨は手に入れました」と何者かへメッセージを送信。さらに、車いす生活を送る娘・真理を車へ乗せ、「総合結論」と書かれた書類を処分するなど、不審な行動を見せる。
その頃、京一は、自社が中国の大手コングロマリット「新明阿」から買収を仕掛けられていることを受け、部下・前原幹夫（木戸大聖）に「『ロクゼロ』のことは隠し通せるのか」と確認。「かなり前のことなので記録は残っていないと思います」という返答を受けると、「『ロクゼロ』の痕跡は完全に消し去るんだ」と命じた。
やがて悠が古人骨のDNAを解析すると、驚くべき結果が判明する。約200年前の人骨のDNAが、紫陽のDNAと100％一致した。真相を報告しようと石見崎の自宅を訪れた悠は、すでに息絶えた石見崎を発見。その直前には、全身黒ずくめの人物が自宅を訪れていた。さらに悠が刑事・黛良子（土居志央梨）の事情聴取を受けている間、問題の古人骨とDNAサンプルが何者かによって盗み出されてしまう。
石見崎の葬儀で、悠は京一にDNA鑑定の結果を打ち明ける。京一は「そのことは2人で話せないか」「それまでは誰にも話さないでほしい。石見崎の名誉に関わることかもしれない」と口止めし、立ち去ろうとする悠に「君はまだ知らないことがある」と意味深な言葉を残した。
葬儀からの帰り道、唯が悠の前に現れる。事件後、真理が行方不明になっていることを明かし、「何か知っていることがあったら教えてほしい」と協力を求める。その2人の様子を、全身黒ずくめの謎の男・牛尾（吉原光夫）が遠くから静かに見つめていた。
「一次元の挿し木」とは？
2025年「このミステリーがすごい！」大賞の文庫グランプリを受賞した同名小説が原作のヒューマンミステリー。ヒマラヤ山中で発掘された200年前の人骨と、現代の失踪者のDNAが一致するという不可解な謎に主人公が挑む。そのなかで不可解な事件や巨大な陰謀に巻き込まれ、二転三転する真実の果てに、想像を絶する結末へと突き進んでいく様子を描く。
